FC 도쿄의 전신인 도쿄 가스 풋볼 클럽은 1935년에 창단되었다. 도쿄도 리그가 무대였던 팀은 1986년에 간토 리그로 승격하자 첫 해부터 4위라는 좋은 성적을 거두었다. 1991년에는 전국 지역 리그 결승 대회에서 우승을 차지하며 JSL 2부로 승격했다. 1992년부터 JFL에 합류하여 1993년 J리그 발족을 지켜보면서 1995년 이후에는 JFL에서도 항상 상위권을 유지하게 되었다. 1997년 천황배에서는 J리그 팀을 3연파하며 준결승에 진출하는 도약을 이루었고, JFL 마지막 시즌이 된 1998년에는 간절히 바라던 첫 우승을 차지했다.

팀명을 "FC 도쿄"로 개칭하고 J리그 2부(J2)에 참가해 싸운 1999년은, 처음 참가한 야마자키 나비스코컵에서 J1 팀을 3연파하며 베스트 4에 진출했고, 사토 유키히코가 뉴 히어로상을 수상했다. 한편 리그전에서는 후반에 고전했지만 2위에 올라 J리그 1부(J1) 승격을 결정했다.

J1에 승격한 2000년은 1st 스테이지에서 개막부터 3연승을 거두며 6위에 올랐고, 2nd 스테이지에서도 개막 5연승을 달성해 8위(연간 7위)가 되는 등 '도쿄 선풍'을 일으켰다. 다음 해인 2001년에는 홈 구장인 도쿄 스타디움(현 아지노모토 스타디움)이 개장하여 3월 10일 개장 경기에서 베르디에 승리했다. 그 후에도 1st 스테이지 9위, 2nd 스테이지 8위(연간 8위)로 중위권을 유지하며 2년 차에 J1에서 확고한 입지를 다졌다. 또한 시즌 종료 후 7년간 팀을 지휘한 오쿠마 키요시 감독이 퇴임하고, 2002년 시즌부터 하라 히로미 감독이 취임했다. 팀은 오쿠마 전 감독이 쌓아 올린 '끝까지 포기하지 않는 끈기', '항상 전력을 다하는 정신'을 바탕으로 하라 신 감독이 내세운 '공격 축구'로 새로운 무대에 돌입했다.

2002년에는 주력 선수들의 부상이 잇따르면서 1st 스테이지에서는 10위로 부진했으나, 2nd 스테이지에서는 젊은 선수들의 성장과 활약으로 5위(연간 9위)를 기록하는 등, 하라 감독이 지향하는 공격 축구가 점차 자리 잡았다. 2003년에는 연장전 폐지에 따라 "90분간 공격 축구"라는 슬로건을 내걸고, 1st 스테이지에서는 최소 실점으로 역대 최고인 4위를 기록했고, 이어진 2nd 스테이지에서는 마지막까지 우승 경쟁에 가담하며 최다 득점으로 5위를 차지했다. 연간 순위도 역대 최고인 4위가 되었다. 시즌 종료 후에는 12년간 팀의 중심으로 기여해 온 "킹 오브 도쿄" 아마라오가 팀을 떠나면서 하나의 역사가 막을 내렸다.

2004년, 슬로건 "공격격, 공격극, 공격 축구"에 따라 지금까지보다 더욱 공격적인 자세를 내세웠으나, 독일 월드컵 예선과 아테네 올림픽에 대표 선수 파견 등으로 전력이 갖춰지지 않아 J1 리그전은 연간 8위(1st 스테이지 6위, 2nd 스테이지 10위)로 결코 만족할 만한 결과는 아니었다. 그러나 야마자키 나비스코 컵에서는 팀이 하나가 되어 결승에 진출했다. 전반전에 퇴장자가 나왔음에도 연장전까지 120분을 견디며 PK전에서 우라와 레즈에 승리했다. 간절히 바라던 클럽 첫 타이틀을 획득했다.

2005년은 리그가 1스테이지제로 변경되었다. "공격해서 따낸다. 공격해서 얻는다"를 내걸고 개막부터 4라운드까지 선두에 섰으나, 5라운드 이후 1무를 사이에 두고 7연패를 기록했다. 최종적으로는 10위라는 결과가 되었고, 시즌 종료 후 4년간 지휘를 맡았던 하라 감독의 퇴임이 발표되었다. 2006년에는 클럽 최초의 외국인 감독 알레산드레 가로 씨가 취임하여 "Ousadia～신뢰·용기·도전～"이라는 슬로건 아래 새로운 전술로 임했으나, 독일 월드컵을 끼고 중단 기간이 긴 변칙 일정 속에서 팀 컨디션이 올라가지 않아 8월에 가로 감독이 해임되었다. 제18절부터 FC 도쿄 U-18 감독이었던 쿠라마타 히사오 씨에게 톱팀 지휘를 맡겼으나, 제20절부터 6연패 등도 있어 역대 최저인 13위로 시즌을 마감했다. 반전을 도모하고자 한 2007년, 다시 하라 히로미 감독을 맞이하여 "It's Our Time～푸른 질풍, 붉은 격류～"를 슬로건으로 내걸고 임했으나, 리그 개막전에서 패한 후에도 패배가 앞서는 힘든 싸움이 계속되었다. 신입인 완초페(전 코스타리카 대표)는 제11절까지 2득점을 올렸으나 기대만큼의 결과를 남기지 못하고 6월 종료 시점에 팀을 떠나게 되었다. 시즌 내내 흐름을 타지 못한 채 J1 리그전은 12위로 2007 시즌을 마쳤다.